Materials Studio 2019的新功能
Materials Studio 2019包括一系列生产力改进和新功能,进一步扩展了新功能材料和能源应用材料等热门研究领域的应用。
新建模块
Kinetix模块现在可用,该模块使用动力学蒙特卡罗方法模拟表面反应。
Materials Studio模块的增强功能
1、Cantera
敏感性分析已添加到Cantera CSTR任务中。该功能允许用户确定反应链中最重要的步骤,并通过将不太重要的反应排除在考虑范围之外,从而可能节省模拟复杂多步骤反应机制的时间。同样重要的是要知道哪些反应值得更精确地计算热力学和反应势垒。
Cantera模块中引入了模拟程序升温脱附的新任务。
已经开发了一个脚本,用于将第三方反应机制导入Materials Studio,以便与Cantera一起使用。
2、CASTEP
CASTEP提供了混合OpenMP/MPI并行化。此功能在不降低性能的情况下减少了内存使用。
带预处理的低记忆BFGS(LBFGS)已在CASTEP几何优化器中实现。LBFGS计算可以显著减少优化步骤的数量,特别是对于具有大量自由度的系统。
现在可以使用“插值”选项使用CASTEP进行振动特性的有限位移计算。该方案使用了Lloyd Williams和Monserrat开发的非对角超单元,比以前可用的方法更有效。
对于需要使用DFT+U方法的高度相关系统(例如,过渡金属氧化物或含有f元素的系统),化学位移的CASTEP计算现在是可能的。
Ambrosetti等人(2014)的多体色散(MBD)校正方案已在CASTEP中实施,并比其他现有方法更准确地描述了弱结合系统。MBD方案支持完整的几何优化和属性计算。
CASTEP输出现在报告可能与给定伪电位相关的“重影状态”的检查结果。如果发现这样的状态,光学性质计算和导带结构或DOS计算的结果将具有寄生特征。已经修改了许多具有动态生成伪电势设置的文件,以消除重影状态。
带有自旋轨道耦合的CASTEP计算现在允许您应用Mulliken总体分析。
3、DFTB+
用于合并DFTB+参数文件的脚本已添加到BIOVIA Materials Studio社区中提供的DFTB+参数化工具集中。
新增了一个新的DFTB+库LIB 2019,用于模拟锂离子电池中的电解质。该库包含元素Li、C、H、O、N、F、P的参数。
4、DMol3型
SCAN元GGA功能已添加到DMol3。
DMol3中的几何优化和TS优化对话框中添加了一个复选框,以允许使用笛卡尔坐标进行优化。
已简化了outel文件中的DMol3交换相关函数报告,并使其更易于用户使用。
DMol3中的几何优化和TS优化对话框中添加了一个复选框,以允许使用笛卡尔坐标进行优化。
非定域内部坐标中的DMol3几何优化不再访问磁盘以写入检查点信息,这可能会导致高度并行计算机和/或大型系统的性能大幅提高。
DMol3几何优化或过渡状态优化的进度报告已得到改进,以解释即使满足力和能量标准,该过程仍可能继续的原因。
增加了数值稳定的Kohn Sham特征值求解器,以解决DMol3检测到奇异重叠矩阵的极罕见系统。
5、Forcite
forcefield文档和Forcete现在支持扭转交互的表格形式。
强制几何优化已被扩展以允许对受电场影响的带电系统进行优化。
6、GULP
最新版本的GULP代码5.1已并入Materials Studio。主要变化包括:
MEAM-2NN库中的新参数,以扩展可访问系统的范围
用于电池模拟相关Li-Mn-O材料建模的新型MEAM-2NN-QEq库
增加了分割债券费用EEM
增加了第三方包Alamode的接口,允许通过Boltzmann传输方程计算热导率
增加了新属性的计算:Grüneisen参数、声子群速度、声子热参数的均方位移、弹性稳定性检查的弹性常数特征值
增加了新的电位形式:Slater电位和缓冲14-7 Lennard-Jones电位
添加自由能和绝对偶极矩的拟合
分子的振动频率和固体的振动频率(在伽马点)已可用于ReaxFF和MEAM系列库
Liu等人(2011)的ReaxFF RDX库已添加到GULP模块中,以实现高能材料的建模。
7、Mesocite
力场文件和Mesocite现在支持扭转相互作用的表格形式。
为了获得更好的性能,增加了中间矿的缓冲区宽度。
8、ONETEP
混合OpenMP/MPI并行化已可用于ONETEP。此功能提高了ONETEP计算的性能。
传输函数计算已经在ONETEP中实现,包括电子和自旋传输。
ONETEP现在可以编写脚本,可以通过MaterialsScript访问。
时间相关DFT形式已在ONETEP中实现。这使得能够精确地计算电子激发能量和大系统的光学特性。
ONETEP服务器现在可以优化金属系统的总旋转。
ONETEP计算现在允许结合隐式溶剂化模型进行各种任务(几何优化、分子动力学、过渡态搜索)。
ONETEP界面增加了为所有元素设置全局NGWF半径的功能。
为了提高ONETEP的性能,修改了一些默认值。
局域态密度(LDOS)分析已在ONETEP中实现,以提供有关特定原子组对电子态密度的贡献的信息。
Materials Studio?为材质建模提供了一组丰富的功能。Materials Visualizer为Materials Studio提供核心建模功能和软件基础设施。
材料可视化仪的功能包括:
具有各种显示样式、标签和测量工具的模型的三维可视化
绘制和编辑分子模型,包括有机金属
水晶建筑
聚合物建筑
表面、层和水晶板建筑
纳米结构建筑
中间结构建筑
分子和周期系统的对称性查找和编辑工具
添加Miller平面
模拟图书馆的建设
用于显示数字数据的图形、图表和电子表格样式表
使用Materials Studio项目进行数据管理
高质量打印输出
用于管理和监视远程服务器上运行的计算的工具
用于创建和执行自定义脚本任务的工具
此外,还有一些单独的产品集成到Materials Studio中,以创建一系列全面的材质建模工具:
吸附定位器-一种工具,允许您在周期性和非周期性基质上找到低能吸附位点。
非晶胞-非晶体材料,特别是聚合物、有机液体及其混合物的模型构建和性能预测。
共混物-分子之间的混合、结合和配位特性,包括聚合物溶液、聚合物共混物和合金。
Cantera-求解化学速率方程。
CASTEP-基于量子力学的固态材料模拟的第一原理平面波伪势代码。
CCDC-从Materials Studio查询本地和远程剑桥结构数据库实例的工具。包括分析晶格中分子片段之间氢键基序的组件。
COMPASS-强大的全原子力场,支持凝聚相材料的模拟。
构象-一种工具,允许您搜索分子系统的构象空间,以导出低能构象的合理采样。
DFTB+-一种基于密度函数的紧密结合(DFTB)工具,允许您研究各种系统的能量、结构和动力学。原子参数集用于表示电子能和排斥能对模型的贡献。
DMol3-一种独特的密度泛函理论量子力学包,可以模拟气相、溶剂、表面和固体环境中的非周期结构过程。DMol3还包括对周期结构的计算。
强制力-一系列分子力学工具,允许您研究广泛的系统,其中关键的近似值是原子核移动的势能面由经典力场表示。
Forcete Plus-包括所有Forcete功能,并将其扩展到包括分子动力学和分析。
高斯界面-一种工具,可以访问流行的高斯应用程序,该应用程序使用Hartree Fock和密度泛函理论方法来研究分子系统,从而预测结构、热力学和电子性质,以及NMR和振动光谱。
GULP-一种执行与三维固体相关的各种任务的工具,包括原子间势拟合、能量最小化和声子计算。
Kinetix-使用动力学蒙特卡罗方法模拟晶体表面发生的化学和物理过程的通用程序。
MesoDyn-一个中尺度模拟程序,它是平均场密度泛函理论的动态变体,为研究复杂流体、其动力学和大长度和时间尺度上的平衡结构提供了粗粒度方法。
中晶石-一种基于力场的粗粒度分子动力学程序,用于模拟纳米长度和时间尺度上的系统,允许在模型描述中包含化学细节。
形态学-从内部晶体结构预测晶体材料外部形态的工具集合。
NMR CASTEP-包括所有CASTEP功能,并将其扩展到包括固态NMR化学位移和电场梯度的计算。
ONETEP-一个革命性的基于量子力学的程序,专门设计用于在密度矩阵公式中使用密度泛函理论的大型系统的计算。
多晶型-一系列工具,允许您直接从分子结构预测给定化合物的潜在稳定或亚稳定晶体结构。
QMERA-一个工具,允许您执行组合的量子力学和分子力学力场计算。
QSAR-一套用于在实验数据和分子水平特征之间创建统计回归模型的综合工具。
1、双击启动BIOVIA_2019.MaterialsStudio2019.exe解压安装内容,打开解压的文件夹,启动setup.exe
2、如图所示,这里是软件的安装引导界面,点击下一步
3、提示软件的用户名字设置界面,点击下一步
4、显示软件的安装地址C:Program Files (x86)BIOVIA
5、提示软件的安装模式,点击next
6、这里直接点击next就可以了
7、弹出安装的界面,点击install就可以开始安装软件
8、软件安装结束,取消配置许可证的选项,点击finish
1、通过记事本的方式打开许可文件msi2019.lic,将本机用户名字替换许可证内容
2、例如小编的电脑名字是DESKTOP-7S29EIT,复制替换许可证里面的名字,随后保存文件
3、必须选择管理员身份启动License Administrator 2019,进入许可证安装界面
4、在Install License界面将许可文件msi2019.lic打开,点击底部install按钮安装
5、提示License file was installed successfully.,许可证已经安装成功
6、现在就可以启动Materials Studio 2019软件开始使用,显示引导设置内容,点击help查看帮助
7、使用以下控件创建新项目或打开现有项目:创建新项目、打开现有项目
创建模拟库
模拟生成器采用具有一个或多个定义的连接点的多个核心结构,并将一系列片段附加到每个连接点,以使用Markush式枚举生成一系列相关的模拟。这意味着你可以快速生产出一系列具有不同性质的类似分子。
构建模拟库
1、在开始运行模拟生成器之前,应确保片段库包含您希望使用的所有片段。可以使用“定义片段”对话框将片段添加到片段库中。
2、从预先存在的文件导入核心结构,或使用“材质可视化工具”中的绘制工具构建新分子。要在模拟生成器枚举中用作核心,输入结构必须是分子结构。周期结构不能在模拟生成器中使用。
3、从菜单栏中选择“构建|构建模拟”以显示“构建模拟”对话框。
4、选择“核心”选项卡。
5、使核心结构文件成为活动文档。单击网格的核心列,并从当前项目的下拉树视图中选择活动的核心结构文件。
6、在活动核心结构文档中,选择一个或多个要定义为连接点组的单键末端原子。从下拉列表中选择连接点组的名称,然后单击“设置”按钮。当一个原子包含在连接点组中时,它将被一个框架包围,并标记有连接点组的名称。
一旦为结构定义了连接点组,就可以将其保存在.xsd文件中。这意味着您只需要准备一次核心,而不是每次都要在枚举中使用它。通过这种方式,您将建立一个核心结构的“库”,以便在后续的Analog Builder运行中使用。
7、重复步骤5和6以选择更多的核心结构,并根据需要在每个核心结构上定义连接点组。
8、连接点属于Materials Studio中对象的“链接”类别。与其他此类对象一样,可以使用属性资源管理器查看和编辑连接点的属性。
9、选择“碎片”选项卡。核心结构和为其定义的连接点组将显示在“连接点组”列表中,尽管确切格式取决于所选连接点组选项。
10、通过选择适当的单选按钮,选择要使用的附件策略。所有单独的组都会将每个核心上的每个连接点组与一组不同的片段相关联。跨核心的匹配组将使不同核心上具有相同名称的连接点组与相同的片段集相关联。匹配所有组会将每个核心上的所有连接点组与同一组片段相关联。
11、要将一组片段分配给连接点组或组集合,请双击“连接点组”列表中的项目以显示“选择片段”对话框。
12、从“可用片段”列表中选择片段库中的片段,然后单击>将其添加到“选定片段”列表。片段列表完成后,单击OK按钮。碎片选项卡上的选定碎片列表将相应更新。
13、根据需要,重复步骤10和11,将片段集分配给其他连接点组。
14、在定义构建过程的输入和参数时,使用当前设置通过枚举生成的模拟数不断更新模拟总数字段。
15、选择“选项”选项卡。
16、从Return results as(返回结果)下拉列表中选择要显示模拟的格式。从Name structures by下拉列表中选择用于标记模拟的命名系统。
17、如果您希望在构建每个模拟结构后优化其结合长度和角度,请选中“清洁结构”复选框。启用此选项将显著增加创建模拟所需的时间。
18、如果您希望在构建每个模拟结构后重新计算和更新氢原子的数量和位置,请选中添加氢复选框。
19、单击Build按钮。如果构建失败,常见的失败及其解决方案将在构建失败中描述。
20、构建模拟时,连接点组中的所有连接点将始终接收相同的片段。例如,如果核心是甲烷,在单个连接点组中定义了两个连接点,并且选择的片段是F和Cl,那么将生成的类似物是CH2F2和CH2Cl2,而不是CH2ClF。
21、构建过程使用每个允许的核心和片段组合构建模拟。根据您在“选项”选项卡上指定的格式,模拟结果将返回到研究表或轨迹文档中,或同时返回。
22、研究表基础设施为研究表中的模拟结构的排序、过滤和处理提供了广泛的功能。它还允许您计算其他属性。您可以使用“动画”工具栏上的工具逐步浏览轨迹文件中的模拟。
扩展信息(如头部和尾部原子或pi系统的定义)没有保存在构建的模拟结构中。
Cores tab“核心”选项卡
构建模拟对话框上的核心选项卡允许您选择要使用的核心结构并定义这些核心上的连接点。
通过单击网格的Core列并从当前项目的下拉树视图中选择3D Atomic文档,选择输入文档。
要在模拟生成器枚举中用作核心,输入结构必须是分子结构。周期结构不能在模拟生成器中使用。
包含输入分子结构的3D原子论文档必须是当前项目的一部分。使用Materials Visualizer中的绘制工具创建所需的结构,或者在选择枚举的核心之前将所需的分子导入项目。
当为核心定义连接点时,将更新网格的“CPG数量”列,以显示为每个结构定义的连接点组的数量(不一定与连接点的数量相同)。此列为只读。
定义连接点组:从下拉列表中选择连接点组的名称。连接点组名称的格式必须为Rx,其中x是介于1和999之间的整数。
集合:将活动3D原子文档中的选定原子定义为连接点组。所选原子必须都是单键的末端原子。如果试图定义包含多重键合原子的连接点组,将显示警告消息。
如果指定的连接点组已经定义,则将由当前选择替换。类似地,如果任何选定的原子被定义为另一个连接点组的一部分,它们将从先前的组中删除并添加到新的组中。
在定义构建过程的输入和参数时,使用当前设置通过枚举生成的模拟数不断更新模拟总数字段。
Fragments tab碎片选项卡
碎片选项卡允许您指定要在每个连接点连接到核心结构的碎片集。通过依次循环每个连接点组的可用片段来创建一组模拟。可以从可以使用片段浏览器查看的片段库中选择现有片段。可以使用“定义片段”对话框将新片段添加到库中。
连接点组:列出在每个核心上定义的连接点组。双击连接点组以访问“选择片段”对话框,该对话框允许您指定要附加到该连接点组的片段范围。连接点组在列表中分组的方式取决于选择的组合设置。
列表中以粗体显示没有关联片段的连接点组。
选定片段:列出与选定连接点组关联的片段。双击列表中的任何项目以访问“选择片段”对话框,该对话框允许您从列表中添加或删除片段。
通过选择项目并按delete键,可以从“选定片段”列表中快速删除项目。
所有组都是单独的:选中时,表示每个核心上的每个连接点组都将单独列出,并且可以与不同的片段集相关联。
跨核心匹配组:选中时,表示不同核心上具有相同名称的连接点组将一起列出,并将与同一组片段相关联。
匹配所有组:选中时,表示每个核心上的所有连接点组将一起列出,并将与同一组片段相关联。这是最简单的设置,对于快速设置枚举非常有用。
如果您选择了All groups separate或Match groups across cores选项,并将片段分配给各个连接点组,则应注意,如果您选择其他选项之一,则片段将自动分配给连接点组以符合新设置。但是,如果您重新选择原始选项,片段分配将不会更改-原始设置将不会恢复。因此,建议您在开始选择要附加到连接点组的片段之前,决定要使用的附加方案。
在定义构建过程的输入和参数时,使用当前设置通过枚举生成的模拟数不断更新模拟总数字段。
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